Sebanyak 4553 mahasiswa calon peserta KKN Semester Khusus 2016 diberikan pembekalan sebelum diterjunkan di lokasi KKN, pembekalan KKN dilaksanakan selama 3 hari,  2 – 4 Juni 2016 di kampus UNY. Pembekalan KKN wajib diikuti bagi calon peserta KKN setelah melakukan registrasi pada akhir tahun 2015 dan awal tahun 2016. Mahasiswa bisa memilih periode pelaksanaan KKN sesuai dengan keinginannya saat melakukan registrasi.